ابتدای سده اول میلادی مسیحیت در ایران رواج یافت. مبلغان مسیحی در شمال غرب و غرب این سرزمین به تبلیغ پرداختند و مبلغان سریانی (اهالی شرق مدیترانه) از طریق میان رودان ، سرزمینی که تا پیش از اسلام همیشه جزئی از ایران بود ، در غرب ایران تبلیغ میکردند. پادشاهان آزادمنش اشکانی با دین و اعتقادات رعایای خود کاری نداشتند. مسیحیان در آغاز مسیحیت در سرزمین روم تحت تعقیب ، آزار ، شکنجه و اعدام بودند. از این رو به ایران گریختند و در این سرزمین در آسایش کامل به سر بردند ، مراسم مذهبی خود را به راحتی اجرا و در نقاط مختلف ایران کلیساهایی بنا کردند و برای اداره کلیساها نواحی اسقفی به وجود آوردند.
سال ۱۰۴ میلادی پقیدا (Pgidba) ، در آربل به سمت اسقفی تعیین شد (میلر، ۱۹۸۱ ، ۲۶۹) آربل به تدریج مرکز مسیحیت در شرق ، شمال و جنوب رودخانه دجله شد. در سال ۱۹۶ میلادی مورخی به نام باردسان (Bardaisan) راجع به خواهران مادر گیلان و باکتریا (Bacteria) سخن میراند (همان).
سال ۲۲۵ میلادی سلسله اشکانیان منقرض شد ، ساسانیان به حکومت رسیدند و دین زرتشت را دین رسمی ایران اعلام کردند.
سال ۲۶۰ میلادی شاپور ساسانی بر والرین امپراتور رم چیره شد ، و والرین و چندین هزار نفر سربازان رومی اسیر شدند. شاپور اسیران رومی را در سه شهر خوزستان اسکان داد. یکی از این شهرها ، ایرانشهر بود. او همچنین گروهی از آنان را به ساختن سد شادروان بر رودخانه دجیل زیر شوشتر گماشت (اولیری ، ۲۵۳۵ ، ۲۳) چون بخشی از اسیران رومی مسیحی بودند و در اجرای مراسم مذهبی خود آزادی کامل داشتند ، راحتتر از زمانی بودند که در سرزمین رم به سر میبردند. اسیران رومی در ایرانشهر دو کلیسا داشتند ، در یکی مراسم دینی به زبان یونانی و در دیگری به زبان سریانی انجام میشد (همان ۲۴).
سال ۳۱۲ میلادی کنستانتین امپراتور روم مسیحی شد و در سال ۳۶۸ میلادی در زمان گراتیان (Gratian) امپراتور روم ، مسیحیت دین رسمی امپراتوری روم شناخته شد. (اولیری ۷۱). از آن زمان پادشاهان ساسانی نسبت به رعایای مسیحی خود بدگمان شدند. سال ۴۱۰ میلادی شورای اسقفان ایران در مدائن تشکیل شد ، در این سال نزدیک به ۴۰ ناحیه اسقفی در ایران وجود داشت و در سال ۴۲۴ میلادی شمار این نواحی به ۶۶ عدد رسید. (میلر ، ۲۸۴).
در سال ۴۲۴ میلادی در شورای دادیشوع (Dadisu) سی و شش اسقف در روستای (مارکبتای عرب) گرد آمدند. در این شورا دو امر مهم به تصویب رسید ، اول آنکه کلیسای ایران به هیچ وجه تحت تسلط کلیسای روم نباشد و دیگر اینکه قدرت گاتولیگوس (جاثلیق) ایران زیاد شود. (همان ۲۹۴).
در سال ۴۲۸ میلادی نستوریوس راهب انطاکیه به بطریقی قسطنطنیه برگزیده شد ، نستوریوس راهبی از مردم انطاکیه به نام آناستاسیوس را همراه خود به قسطنطنیه آورد. آناستاسیوس در یکی از موعظههای خود مطالبی عنوان کرد که برخلاف عقیده و ایمان مسیحیان بود ، او گفت که حضرت مسیح دو شخصیت مجزا دارد یکی بشری و دیگری روحانی ، چون مسیحیان به این سخنان اعتراض کردند ، نستوریوس از آناستاسیوس حمایت کرد. اسقف اسکندریه به مخالفت برخاست و در سال ۴۳۱ میلادی در شورای دینی مسیحیان که در افسوس تشکیل شد به فتوای شورای مزبور نستوریوس از منصب روحانی خلع و به مصر تبعید شد (اولیری ، ۸۵) و تا آخر عمر در تبعید به سر برد.
سریانیهای مسیحی شرق مدیترانه که به آنها آسوریک گفته میشود و ارتباطی با آشور پیش از میلاد ندارند با تصمیم شورای افسوس موافق نبودند به همین جهت از کلیسای روم جدا شدند و فرقه نستوری را پدید آوردند.
چون سخنان نستوریوس کفر و الحاد اعلام شد ، نستوریان در امپراتوری روم تحت تعقیب قرار گرفتند و به ایران پناهنده شدند.
در سالهای ۴۵۷ تا ۴۸۴ میلادی «بارصوما» از سران نستوری برای ترویج آیین نستوری بسیار کوشید و کلیسای نستوری را به رنگ ایرانی درآورد. تلاش بارصوما شکافی عمیق میان مسیحیت یونان روم و مسیحیت نستوری پدید آورد.
در سال ۴۸۹ میلادی کوروس اسقف «ادسا» ، «زنون» امپراتور روم را متقاعد کرد مدرسه نستوریان را تعطیل کند. مدرسان نستوری به ایران مهاجرت کردند و در نصیبین مدرسه نستوری دیگری دایر کردند که بعدها دانشگاه مرکزی مذهب نستوری شد (اولیری ، ۹۱) نظام کلیسای نستوری مردان کلیسا را به ازدواج تشویق میکرد به شرط آنکه ازدواج پیش از رسیدن به مناسب دینی باشد. (همان ۹۹)
مبلغان نستوری ایرانی برای گسترش مسیحیت در دیگر کشورها از شرق ایران به هندوستان و چین رفتند. در سال ۱۶۲۵ میلادی کتیبهای سنگی در چین کشف شد که متن آن به زبان سریانی نوشته و درباره رفتن مبلغان مسیحی به چین بود.
این کتیبه حدود سال ۷۸۱ میلادی تهیه و روی آن نوشته بود: مار جزد بوزید (Mar Joged Bugid) کشیش بلخ که شهری است در طخارستان (ترکستان) این کتیبه را بر پا داشت (میلر ۱۹۳۱ ، ۳۲). «بر این کتیبه درباره کفاره نجات دهنده ما و وعظ پدران ما به پادشاهان چین نوشته شده است».
اولین مبلغ ایرانی که به چین رفت شخصی به نام اولوپن بود. در سال ۷۴۵ میلادی یوین تسانگ پادشاه چین فرمانی صادر کرد که به موجب آن مسیحیان میتوانستند کلیسا بسازند و یک کلیسا نیز در پایتخت بنا کنند ، این کلیساها را «معابد ایرانی» میگفتند. (همان)
شمعون اسقف طوس به مقام اسقف اعظم چین برگزیده شد و مارکوس که یک مسیحی چینی و اسقف اعظم چین بود به مغرب دعوت و به مقام کاتولیگوسی (جاثلیقی) کل کلیسا انتخاب شد. (میلر ۳۲۲)
در سال ۱۲۵۳ میلادی هولاگو خان مغول به امر برادر خود «منکوقا آن» با لشکریانی که بیشترشان از طوایف مسیحی مغول (کرائیت ، نایمان و ایغور) بودند به ایران آمد و پس از سرکوب اسماعیلیان بغداد را تصرف کرد. (اقبال آشتیانی ، ۱۳۴۱ ، ۱۷۱)
سرقومی تی خاتون مادر هولاگو همسر تولوی خان ، مسیحی و برادرزاده آوانگ خان ، آخرین پادشاه کرائیتها بود و بزرگترین خاتون مغول محسوب میشد. (همان ۱۵۵)
دوقوز خاتون همسر هولاگو پسر زاده آوانگ خان بود. اردوی دوقوزخاتون هر جا بود بر در آن ناقوس میزدند ، این خاتون یکی از جاثلیقان ارمنی که وارتان نام داشت را به مسیری خود انتخاب کرده بود. (همان ۱۹۸)
پاپهای روم پس از آگاهی از مسیحی بودن برخی از طوایف مغول ، مبلغانی نزد قاآنها به ایران فرستادند.